保證環境監測系統的正常運行，不僅要進行預防性的防護，定期做巡檢排查也是很重要的措施。按照相關的技術方法與步驟，定時對系統進行認真詳細維護與檢測有利于環境監測系統的長期穩定。對環境監測系統的巡檢維護分為子站巡檢、光路巡檢、儀器設備巡檢。

子站的巡檢維護方面，主要是對溫室、空調等進行巡檢，確保整個子站運行的周圍環境的干凈、整潔，減少對環境數據采集的影響，保證整個子站監測系統的安全與準確性。對光路的巡查是指定期對內外、光路的檢查，發現是否有對光路阻礙、遮擋的物品，及時進行排查，維持光路的完整性，防止對空氣環境取樣與分析產生誤差。在儀器、設備的維護方面，主要是檢查各環境監測儀器的自身參數與相關檢測性能，保證電源線、氣路等正常的運行。