環境監測系統不僅包括相應的探頭采樣系統、預處理系統和氣體分析系統，也包含了控制、校對以及DAS和遠程通信系統等。在環境監測系統的實際運營及管理方面，常采用第三方托管的方式來實施系統管理工作。通常，在環境監測系統相關設施安裝、驗收合格后，便可經由當地環保部門的監督與指導，利用公開招投標的方式來進行第三方運營管理機構的征集與選取，并于之后同中標方進行代理運營管理合同的簽訂。

在環境監測系統運營管理的過程之中，運管機構與監管部門所對應的管理職責各不相同。例如：環保部門負責定期監督、檢查、考核，并對違法現象實施依法的查處；運營機構負責對環境監測系統的應用技術進行運營及維護，檢修相關環境監測儀器設備，并對相關環境監測數據進行處理與報送等。