運營機構疏于對排污企業的環境監測系統進行嚴格的運營管理，是導致環境監測系統運營管理出現問題的主要因素之一。一些運營機構從運營成本角度考慮，未嚴格依循規定頻率開展環境監測設備的校驗與現場的巡查工作；對于存在安全隱患或輕微故障的環境監測儀器在維修上不及時；對于使用頻率不高的環境監測儀器設備予以擱置等。這些問題都會導致環境監測系統所監測出的數據存在異常與失真。此外，排污企業與第三方運營機構間的“相互合作”虛假監測，也會致使因環境監測數據的不真實性而影響到后續的環境監測活動與治理工作。