現階段，環境監測系統的監督與檢查工作一般是由各地區環保主管部門或受其委托的相關機構予以實施。而受到環保管理要求標準逐年提升的影響，使得對于環境監測與考核工作也更為嚴格，由此也導致管理部門中諸多問題的頻頻生成。例如：一些環保主管部門的監管與執法人員數量偏少，無法依照環境監測管理辦法來進行定期的監測與檢查，致使排污企業的環境監測系統在出現故障或監測不穩定時，難以及時開展實地調查，無法及時責令其予以相應整改。同時，由于受到投入成本因素、運營管理因素以及制度體系因素等方面的影響，致使環境監測設備在安裝型號與設備質量上存在明顯的差異，直接對環境監測數據的精確性帶來極大的影響，進而影響到環境監測系統后續監測功能的實現。