環境監測系統的管理工作程序較為復雜，需要處理的監測數據也比較多，雖然大多數基礎數據都可以依靠于網絡技術自動化、智能化的完成，但是仍然有許多環節需要監測人員手動處理。這里還包括對環境污染進行監測時，相應環境監測設備的操作能力問題。這些問題都是影響環境監測數據準確性的關鍵因素，但是，現階段許多環境監測人員并不具備這方面的能力，這也與相關管理部門對人員的管理工作沒有落實到位有一定的關系。為了解決這方面的問題，管理部門必須要定期結合新興環境監測技術發展情況對監測人員進行知識技能及個人素質的培訓教育工作。并應當注重于提升員工的創新意識及能力，以此來促進環境監測系統的順利應用。