雖然環境監測系統的出現，大大改善了目前我國治理環境污染問題的現狀，并且減少了很多方面的開支，但是該系統本身和環境監測部門的治理制度方面都存在一些問題，影響著環境監測和質量控制的工作開展。下面主要從這兩方面展開詳細論述。

1.系統自身存在的問題

由于我國引進環境監測系統的時間相對較晚，并且在環境空氣治理方面投入的資金較少，所以環境監測系統的功能尚不完善，子站具備的功能太少，這大大加大了總站的工作量。例如，當各子站采集污染物樣品數據之后，不能夠自行簡單處理之后再上傳總站，而且當出現空氣重度污染時并不能及時地發出報警信號。

2.環保部門運行管理方面存在的制度問題

首先，環保部門不具有行政權力，當環境監測系統處理數據得出結果以后，必須將數據結果上報給上級，這樣層層上傳，根本不能及時解決環境污染的實際問題，這樣就讓得之不易的環境監測數據失去了真正的作用，變成了一堆沒有任何用處的數字。

總之，環境監測系統的應用還存在著一些問題，在環境監測和質量控制方面有所欠缺，需要在實際工作中逐步完善，最后在環境污染問題治理方面取得突破性的進展。