在環境監測系統的軟件設計的時候，為了保正各個模塊的有效運行，使系統的結構更加的清晰、有條理性。把系統軟件分為了數據采集層軟件系統設計即溫濕度測量等的模塊軟件設計、數據集中層軟件設計即對主控制器的軟件設計和數據管理層軟件設計即使用手機接收發送信息等的軟件設計。

環境監測系統數據采集層的軟件設計主要負責各個測量器件的有效運行，對其進行驅動，并按照一定的程序設計步驟來實現溫濕度、CO氣體、SO2氣體的采集；數據集中層軟件設計負責控制整個環境監測系統的具體實施流程是整個系統的核心，作為系統的網關，用來對從溫濕度測量模塊傳送來的數據進行存儲、判斷等操作；數據管理層軟件設計用來方便從主控制器傳送來的信息進行查詢與通過手機向主控制器下達指令等操作。