環(huán)境監(jiān)測系統(tǒng)的正常運行需要有一個良好的管理體系，因為它可以為后續(xù)環(huán)境監(jiān)測工作的有序展開提供一個良好的環(huán)境和方法，它還可以促進相關(guān)的管理人員和工作人員對自身的行為有一個良好的規(guī)范，并且能夠加強自身對于環(huán)境監(jiān)測工作認真負責的態(tài)度。根據(jù)監(jiān)測人員的工作成效建立合理的獎懲機制，也能督促監(jiān)測站的工作人員努力提高自身的素質(zhì)。

環(huán)境監(jiān)測系統(tǒng)合理的管理機制要求管理人員要能夠具備認真負責的態(tài)度，做好各個子監(jiān)測站的監(jiān)測管理和監(jiān)督工作，能夠促進每一個環(huán)境監(jiān)測任務(wù)的有序完成，為環(huán)境的改善提供必要的條件。環(huán)境監(jiān)測系統(tǒng)合理完善的管理機制能激勵工作人員不斷提升自我，還能提高環(huán)境監(jiān)測工作的效率，為環(huán)境監(jiān)測提供良好的制度基礎(chǔ)。