經過半個世紀的發展，我國的環境在線監測技術雖然已經相當成熟了，但依然存在一些問題，例如：

1.應急方面的監測技術先進性不夠

目前我國在環境在線監測上并沒有一套完整的應急技術系統，但很多指標都需要對現場進行快速、動態性的監測，出現了較為嚴重的污染事件時現有的技術是無法滿足應急的需要。而且應急分析的成本較高，與發達國家相比，在設備的配置與系統建設上還存在著一定的差距。此外，目前所應用的應急儀器方法都不標準，而且大部分的監測數據都是無法定量使用的。

2.監測手段更新速度慢，現有的監測方法不成體系

目前我國在空氣污染物的采樣及分析上并沒有形成系統的體系，而不同的污染物在監測上所采用的分析方法也都是不同的。在具體的環境質量監測當中，在對每一個檢測項目進行監測時，都要采取單獨對樣品采集、保存、處理與分析的方式，這樣就會導致現場樣品采集分析的難度加大，進而不利于監測項目工作的開展。

3.監測結果缺乏全面性

環境在線監測技術是一種自動性的監測技術，主要是通過多種監測設備對污染的情況進行監測與分析，然后將信息錄入到電子系統當中，其中監測結果的不全面性就是一個比較明顯的表現，主要體現在每一個檢測點上監測指標的制定較為單一。

4.管理制度尚不全面

環境在線監測技術的順利實施必須要有完善的管理制度提供保證，保障在監測過程中設備的高效、穩定與安全進行。但是我國目前還沒有指定較為完善的管理制度，對于環境在線監測技術的約束和管理力度也不強，尤其是在設備的維修與養護方面更是缺乏相應的管理制度，導致很多監測設備處于閑置的狀態，造成了大量的資源浪費。